Eu decidi pensar um pouco mais relacionado a hardware, então abri a caixa para limpar o dissipador de calor do processador. Quase não havia poeira, então definitivamente não era a causa, mas agora o System usa apenas 1% da CPU.
O dissipador de calor não deve ter sido colocado corretamente porque tudo o que fiz foi removê-lo e colocá-lo de volta, e não mudei mais nada. Agora meu gráfico de CPU realmente desce para ZERO quando não estou fazendo nada. Yay!
N.B. Eu sou um idiota.