Mesmo com três anos, estou colocando isso aqui para qualquer um no futuro que encontrar essa pergunta, como eu fiz.
Se você deseja substituir completamente um diretório ou restaurá-lo do estado anterior, primeiro exclua-o e, em seguida, restaure com a duplicidade.
De link :
Either the file must be deleted prior to running the script, or a different path or file name must be used. That behavior is fine for me since I normally like to check out the restored file first instead of just overwriting the current file with the one found in the backup set.
Não há como restaurar "apenas arquivos alterados", mas excluí-lo e restaurar o diretório tem o efeito exato mesmo , porque os arquivos que não foram alterados serão os mesmos após a restauração .
Você provavelmente deve verificar a integridade do backup antes de fazer isso, porque se você excluir arquivos que não foram alterados e o backup estiver corrompido, você acabou de perder arquivos previamente válidos.