O X11 fornece 8 modificadores para qualquer tecla pressionada. Você parece ter um conjunto bastante convencional, em que shift , control e lock têm os mapeamentos óbvios.
mod1 geralmente representa Meta ou Alt e mod2 to mod5 estão disponíveis para quaisquer outras teclas modificadoras que seu teclado tenha, muitas vezes rotuladas Super ou Hyper . Geralmente estes não são usados para inserir caracteres, mas são interpretados por aplicações - por exemplo, no Emacs, eu faço Super + TAB equivalente a Meta + TAB :
(define-key function-key-map (read-kbd-macro "s-<tab>") (read-kbd-macro "ESC TAB"))
Se você quer que seu teclado gere caracteres usando esses modificadores, então xmodmap não é realmente capaz o suficiente, e você vai querer olhar para setxkbmap . Esse é um tópico que é grande demais para essa resposta, no entanto.