Eu encontrei a solução para definir os argumentos da linha de comando para um aplicativo fixado:
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Abra o menu Iniciar e clique com o botão direito do mouse no aplicativo fixado e escolha Abrir local do arquivo . O Windows Explorer abre a pasta que contém o atalho.
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Clique com o botão direito do mouse no atalho e escolha Propriedades .
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No campo de destino , adicione os parâmetros da linha de comando após o nome do arquivo do programa. Por exemplo:
%SystemRoot%\system32\notepad.exe C:\test1.txt
Eu testei isso com o Windows 10 e o Windows 2012 com sucesso.