A resposta curta, creio, é não. Esta configuração é uma configuração de perfil, portanto, todas as contas de e-mail no mesmo perfil a herdarão. Você pode configurar perfis diferentes para cada conta, mas isso exigirá que você feche e reinicie o Outlook para acessar essas contas.
Dois outros métodos que podem funcionar:
- VBA / Macros - use-os para criar mensagens com configurações específicas aplicado
- Modelos de mensagens personalizadas do Outlook. Eu olhei para os campos disponíveis, mas não notei nenhum para o SMIME. Eu realmente não uso o modelo personalizado por isso pode ter esquecido ou talvez precise ser implementado ou acesso de alguma outra forma.