Eu encontrei isso (eu não testei, mas parece ser o que você quer):
Eu tenho um arquivo.icns que gostaria de definir como ícone personalizado para uma pasta. Como posso fazer isso a partir de um script / linha de comando? O script é executado na fase de pós-instalação de um instalador de pacotes. A linguagem do script pode ser qualquer uma das linguagens de script suportadas pelo criador de pacotes (bash, perl, applescript deve estar bem).
Eu encontrei isso (eu não testei, mas parece ser o que você quer):
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