Alguns exemplos de como fazer isso usando "keytool"
O segundo link aqui tem um arquivo de lote de exemplo:
@echo off
echo
echo This will import an X.509 SSL certificate into the keystore for the JVM
specified
echo
echo Press Control+C to abort.
pause
SETLOCAL
rem -------------------------------------------------
rem 1) Set the path to you JVM here
rem -------------------------------------------------
set JAVA_HOME=C:\j2sdk1.4.2_05
rem -------------------------------------------------
rem 2) SET THE CERTIFICATE NAME AND ALIAS HERE
rem -------------------------------------------------
set CERT_NAME=mycert.cer
set CERT_ALIAS=mycert
rem -------------------------------------------------
rem 3) SET THE KEYTOOL PASSWORD HERE
rem -------------------------------------------------
set KEYTOOL_PASS=changeit
rem -------------------------------------------------
rem DO NOT EDIT BELOW THIS LINE
rem -------------------------------------------------
set JAVA_SECURITY=%JAVA_HOME%\jre\lib\security
set CERT=%JAVA_SECURITY%\%CERT_NAME%
%JAVA_HOME%\jre\bin\keytool -import -trustcacerts -keystore %JAVA_SECURITY%\cacerts
-storepass %KEYTOOL_PASS% -noprompt -alias %CERT_ALIAS% -file %CERT%
ENDLOCAL
pause
Qual parte você está tendo dificuldade em entender? Existe uma seção específica que não faz sentido? Você precisa de ajuda com o arquivo de lote? Onde, especificamente, você está ficando preso? Talvez eu possa ajudar mais especificamente.