A parte intrigante é que isso só acontece no início, mas você não dá muito para continuar, mas
Verifique seu MSCONFIG e desabilite os programas de inicialização (se você estiver feliz em fazer isso) que você não precisa.
Verifique seu Agendador de Tarefas para ver se algo está sendo iniciado no início
Estas são as coisas a verificar de qualquer forma, embora eu esteja menos confiante, pois o seu problema é apenas na inicialização:
Atualize seu BIOS
Quando você puder entrar na sua máquina e o mouse funcionar como esperado, atualize seus drivers (ou até mesmo os role para o teclado / mouse)
Peça outro teclado / mouse e veja se o problema persiste.
Use portas USB diferentes para teclado e mouse (supondo que sejam ambas USB).
Se isso ainda falhar, pode ser uma placa-mãe defeituosa!