Putty não armazena chaves em um formato compatível com OpenSSH. Você precisa usar a ferramenta "puttygen" para manipular sua chave privada.
(via este documento , via Google):
Para alterar ou definir uma senha em uma chave SSH em PuTTY, faça o seguinte:
- Execute o programa puttygen.exe.
- Clique no botão "Carregar".
- Selecione o arquivo de chave privada em que você deseja colocar uma senha.
- Insira a nova senha desejada nos campos "Key passphrase" e "Confirm Passphrase".
- Clique no botão "Salvar chave particular". Substituir a cópia existente da sua chave.