O fato de que os problemas vêm com o Hyper-V é certamente um novo fator na equação. No entanto, nas outras ocasiões em que vi esse problema de vários monitores acontecer antes, isso geralmente é causado pelo driver de exibição.
Perante o mesmo cenário, gostaria de criar manualmente um Ponto de restauração do sistema como um possível retorno e, em seguida, verifique se há um driver gráfico atualizado para instalar. Se você já estiver executando a versão mais recente, tente voltar para uma versão mais antiga e veja se ela alivia o problema.