Não está claro a sua pergunta se você quer dizer que você não tem o CD de instalação, ou se o seu computador simplesmente não possui uma unidade de CD. Também não está claro se você quer apenas limpar a unidade ou também deseja reinstalar o Windows.
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Se você quiser apenas limpar o disco, você pode baixar uma ferramenta gratuitamente que lhe permitirá excluir com segurança tudo o que estiver no disco rígido. O Boot e Nuke do Darik (DBAN) funciona melhor para isso. Ele também pode ser configurado para ser executado a partir de uma unidade flash, se você não tiver uma unidade de CD-ROM.
Se você precisa realmente formatar a unidade (o DBAN irá apagá-la completamente), então você pode usar uma ferramenta como CD ao vivo do Gparted (que pode ser instalado novamente em uma unidade flash) para formatar a unidade com qualquer um dos diversos sistemas de arquivos.
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Se você quiser reinstalar o Windows, tiver um disco de instalação e não tiver uma unidade de CD-ROM, poderá instalar a partir de uma unidade flash .
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Se você quiser reinstalar o Windows, mas não tiver um disco de instalação, será necessário encontrar um amigo que possua um, ou tente comprar um em algum lugar. Se a instalação do Windows veio com o computador (ou seja, é uma instalação de OEM), você poderá obter a mídia de restauração entrando em contato com o fabricante.