Você está vendo um grande número de esperas de E / S, indicando que as solicitações de leitura e gravação não estão sendo atendidas por meio de buffers existentes? Como outros notaram, o Linux é muito bom em dar memória RAM extra aos buffers, então você deve verificar isso primeiro.
Se você não está vendo o IO esperar, então é possível que seus problemas de desempenho (você ainda tem problemas? sua pergunta não diz) são devido a mudanças no contexto do kernel a partir de pequenas operações de IO iniciadas pelo programa. Nesse caso, você pode obter um aumento significativo no desempenho, reescrevendo seu aplicativo para usar arquivos mapeados na memória. Mas isso é mais uma pergunta para o StackOverflow.