Você pode fazer isso com o comando rename
. Se você estiver na pasta com os arquivos .pdf com caracteres especiais:
rename 's/[^a-zA-Z0-9]//g' *.pdf
Isso removerá todos os caracteres dos arquivos terminados em .pdf
que não sejam A-Z em nenhum caso ou números. Você pode adicionar a esta lista:
rename 's/[^a-zA-Z0-9_]//g' *.pdf
Esta versão permite sublinhados.