Resposta curta: sim, eles são compatíveis. E eles são "a mesma coisa" - mais ou menos.
O SATA II é um padrão oficial e todos os drives e controladores SATA II são compatíveis entre si (desde que estejam em conformidade com o padrão). "SATA 3.0 Gbps" é basicamente mumbo-jumbo de marketing sem significado "oficial" por trás dele. Em outras palavras, toda empresa que diz que vende hardware "SATA 3.0 Gbps" pode estar vendendo coisas ligeiramente diferentes. No entanto ... qualquer dispositivo que é comercializado como "SATA 3.0 Gbps" também é SATA II - ele tem apenas recursos "agradáveis" adicionais que vão "acima e além" do mínimo para o SATA II.
Então ... se você comprar um dispositivo "SATA 3.0 Gbps", sim, ele funcionará com seus controladores SATA II.
Se você comprar dois dispositivos "SATA 3" de dois fabricantes, eles poderão ter conjuntos de recursos diferentes.
Editar: Para esclarecimentos adicionais, existem controladores SATA de 3 Gbps, e para aproveitar ao máximo uma unidade SATA de 3 Gbps, você precisa de um controlador com essa capacidade. Mas qualquer unidade SATA de 3 Gbps funcionará em um controlador SATA mais antigo (em velocidades menores) e vice-versa.
Semelhante confusão surgiu (e provavelmente ainda existe até certo ponto) com "padrões" SCSI ... muitos fabricantes venderam / venderam unidades "SCSI 3", embora não houvesse padrão oficial "SCSI 3". É realmente confuso, eu sei ...