Ter menos de 10% de espaço livre no disco rígido principal causará alguns problemas de desempenho, como você descreve aqui. A fragmentação é um problema, como os outros autores observaram, mas outro problema é o que o Windows chama de "memória virtual".
Com a Memória Virtual, o Windows usará automaticamente algum espaço livre no seu disco rígido como uma área de "troca" de memória. Isso permite que o Windows mova alguns dos conteúdos da RAM para o disco. Normalmente, o Windows move menos programas ativos e arquivos para fora da RAM quando necessário para criar mais espaço para os programas que você está usando ativamente.
Quando não houver espaço livre suficiente no disco, o Windows precisará acessar o disco com mais freqüência e isso diminuirá a velocidade do computador.
Se possível, você deve ter mais espaço na unidade C: (a unidade em que o Windows está instalado). Aumentar o tamanho do volume C: lógico é uma boa ideia, e assim remover todos os arquivos que você não precisa. Além disso, embora isso geralmente não seja recomendado, você pode alterar manualmente as configurações de memória virtual seguindo estas instruções .
Outra opção é aumentar a RAM disponível em seu sistema, se possível (mas isso custa dinheiro e pode não ser possível dependendo do seu hardware).
Melhor da sorte.