Um método via edição do registro. Só faça isso se você souber o que está fazendo e entender o que a edição do registro pode significar.
Exclua a chave de registro recém-adicionada em \HKEY_CURRENT_USERS\Software\IM Providers\DefaultIMApp
(o Skype define o valor como "Skype" e também adiciona algumas subchaves). Se isso falhar APÓS uma reinicialização, defina o valor DefaultIMApp como "NotSkype" em Computer\HKEY_CURRENT_USER\Softare\IM Providers\
.