Se você estiver usando o Ubuntu:
sudo apt-get install pdfedit
Para iniciar o PDFEdit, digite:
$ pdfedit /path/to/pdf.file &
$ pdfedit &
Isso lhe dará o uso de um editor de PDF para corrigir seu problema.
Este software é um editor visual WYSIWYG que também suporta scripts e quase qualquer coisa pode ser roteirizada. PDFedit é uma ferramenta de baixo nível para os usuários. Você pode usar este software:
Para gravar / criar / editar arquivos PDF.
Imprimir arquivos PDF.
Salvar arquivos PDF.
Exportar arquivos PDF para XML, etc.