Não está claro o que você deseja fazer, portanto, vamos assumir que você deseja que os arquivos locais sejam de propriedade do usuário A e que os arquivos remotos sejam de propriedade do usuário B. Se você executar o seguinte comando como usuário A:
rsync [options] [email protected]:/path/to/remote/dir /path/to/local/dir
isso teria o efeito desejado. Mas não é realmente um problema de rsync (então eu não estou elaborando o que o comando acima fará, estou focando na sua pergunta); mesmo com o seu cliente SSH gráfico, você deve ser capaz de fazer o mesmo se o executar como usuário A e configurá-lo para fazer logon no sistema remoto como usuário B.