Para a compatibilidade com COMMAND da Microsoft, o CMD da Microsoft tem a semântica bizarra que invoca um script de comando dentro de outro script de comando que finaliza o script de comando invocado nesse ponto.
A solução correta para isso não é o comando START . Também não está invocando um processo de intérprete de comando subsidiário com CMD (especialmente erroneamente usando também /K para /C ). É - e tem sido há algumas décadas - o comando CALL .
call wsdl2java.bat
call wsdl2java.bat