O que é, é um bug. Registre um relatório no launchpad.net e ganhe um pouco de Karma. Anexe essa captura de tela. :)
Quanto a como você se livra disso, se você pressionar alt + f2 e rodar compiz --replace, então eu tenho quase certeza que ele irá embora.
Como um palpite, eu diria que "Comandos" é o rótulo padrão para listas rápidas de lançadores e que, de alguma forma, uma entrada de lançador vazia e não configurada foi criada por algum motivo. Mas é um palpite e pode muito bem ser totalmente errado.