No Cygwin versão 6 e acima, o comando dd para escrever um ISO mudou:
dd if=path-to-file.iso of=/dev/sdx
em que sdx é uma das unidades:
cat /proc/partitions
Por exemplo, para escrever um arquivo img do FreeBSD em um memory stick USB:
$ cat /proc/partitions
major minor #blocks name
8 0 78150744 sda
8 1 102400 sda1
8 2 51096576 sda2
(...)
8 48 976762584 sdd
8 49 295185408 sdd1
8 50 681573376 sdd2
8 64 8093696 sde
8 65 8093680 sde1
$ dd if=/cygdrive/l/FreeBSD-9.1-RELEASE-amd64-memstick.img of=/dev/sde bs=10240 conv=sync
Veja também o link para métodos alternativos.