A partição ativa é aquela usada na inicialização desse disco. É por isso que sua partição do sistema no seu primeiro disco está ativa. Não afeta mais nada.
Se você ainda quiser removê-lo, abra um prompt de comando com privilégios de Administrador e inicie diskpart
.
Instruções passo a passo de aqui :
Type LIST DISK
Type SELECT DISK n (with n being the number of the external disk)
Type LIST PARTITION
Type SELECT PARTITION n (where n is the number of the active partition you wish to make inactive)
Type INACTIVE
Type EXIT to exit DISKPART
Type EXIT again to exit the command prompt