Por arquivos grandes eu assumo que você quer dizer arquivos de log que tendem a crescer. O Linux mitiga isso, girando os logs usando logrotate .
Atualizações de software, como Muhammad apontou, são geralmente opcionais (atualizar apenas para atualizar não é bom, porque você está atualizando algo que simplesmente funciona). No entanto, as atualizações de segurança são obrigatórias.
Você também pode executar fslint , ele apontará vários problemas com os sistemas de arquivos.
A execução de um verificador de integridade de arquivos como o aide também é uma boa ideia. Talvez um scanner de rootkit também, se você se sentir em perigo.
Geralmente, você mantém um sistema Linux lendo os logs, talvez também tendo gatilhos para alguns eventos. Então você escolhe uma estratégia de ação apropriada.