Não há diferença entre "o superusuário" e "root". Mas o fato é que su (que na verdade significa "trocar de usuário", acredito) não emula inteiramente o ambiente que você obteria se entrasse diretamente como root. Por exemplo, geralmente quando você executa su , variáveis de ambiente de seu shell atual são transportadas para o subshell no qual você está logado como root. (Exceto por PATH ; veja a man page para detalhes)
Para contornar isso, você pode usar a opção -l (ou --login ) para su , que tentará duplicar o ambiente que você obteria se realmente efetuasse login como root.