Você pode fazer isso usando o utilitário Robocopy. O Robocopy é padrão no Windows Vista, Windows 7 e Windows Server 2008. Se você tiver uma versão anterior do Windows, poderá obtê-la como parte do Windows Resource Kit para a sua versão do Windows. Em um prompt de comando, use o seguinte comando e ele deve cuidar do seu problema:
robocopy c:\source c:\destination /E *.txt