Você pode gerenciar isso usando diferentes perfis de usuário.
Usando vários perfis no Google Chrome
Basicamente, você cria pastas separadas para cada perfil e cria atalhos separados para o Chrome com argumentos de linha de comando que apontam para cada diretório.
Parece que você precisará da versão 14 (atualmente no canal beta) ou acima.
Adicionado : Techcrunch falou sobre isso