Se bem entendi, você quer comparar a lista de todos os arquivos no sistema, com a lista de arquivos instalados pelos RPMs. Você deveria fazer algo assim:
comm -13 <(rpm -qla | sort) <(find / -type f | sort)
Eu quero procurar por arquivos poluindo um antigo sistema CentOS na minha empresa. Existe uma maneira fácil de fazer isso?