Você pode executar
emacs --eval '(setq variable-name value)'
para fazer isso. Ou você pode editar o seu arquivo de configurações de tal forma que ele leia a personalização de alguma variável de ambiente e defina isso na linha de comando.
É possível definir uma variável personalizável quando inicio o Emacs? Por exemplo. Eu tenho uma variável de nome de projeto, que eu geralmente defino interativamente usando M-x customize-variable , mas eu gostaria de configurá-lo já ao iniciar o Emacs. Ou seja então eu posso escolher um projeto na linha de comando.
Isso não responde a pergunta como solicitado, mas "definir automaticamente uma variável de nome de projeto" soa bastante como um trabalho para Projétil .