Experimente M-x save-buffers-kill-emacs , onde M-x é provavelmente Alt-x no Cygwin.
Este comando é a ligação padrão para C-x C-c .
Para salvar a digitação, tente ligar este comando a uma combinação de teclas diferente (ou seja, uma que funcione com o Cygwin). Ou melhor ainda, baixe uma versão nativa do Windows do GNU Emacs.