Adicione uma folha de estilos do usuário:
Options > General tab > Accessability button > "Format documents using my style sheet"
Adicione o seguinte estilo à sua nova folha de estilos:
input[type=text]::-ms-clear {
display: none;
}
Editar: para gerenciar essa política de grupo, etc, tente adicionar a chave de registro "User Stylesheet" com o valor "X: \ mystylesheet.css" (ou onde) em HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Internet Explorer\Styles
Edição adicional: você também precisará de outra chave no mesmo local, "Usar minha folha de estilos" = 1
Um último pensamento: Eu sei que você disse que não tem controle sobre o aplicativo, mas não se esqueça de que você sempre pode colocar um proxy transparente entre seus usuários e qualquer aplicativo da web. Aqui está um exemplo divertido mostrando como você faria isso , usando o squid como seu proxy.