dd
tem uma opção para pular.
Por arquivo Você pode usar dd if=MyFile of=my_new_file skip=BytesToSkip
Opcionalmente em um loop (por exemplo, em bash no diretório de destino),% for a in * ; do echo processing $a ; dd if=$a of=$a.shorter skip=300 ; done
Ajustar ignorar com o número correto de bytes, KB ou MB
Se os arquivos são grandes jogando com o tamanho do bloco (bs = X) pode acelerar as coisas.