Se você fez login é um "administrador", então você deve clicar com o botão direito do mouse em cmd.exe, "Executar como administrador", pressionar "OK" no UAC, e a partir daí o mkdir deve funcionar em Arquivos de Programas sem qualquer outro aviso.
Se você não for um usuário administrador e / ou abrir o cmd no contexto normal do usuário (não como "Administrador"), será negado o acesso a Arquivos de programas (conforme encontrado).
Tem certeza de que o erro que você está recebendo (quando estiver usando uma conta / senha de administrador conhecida) com RunAs é o mesmo erro ("1327: falha de logon: restrição de conta de usuário") e não "2: o sistema não consegue encontrar o arquivo especificado. "?
Porque recebo o erro 2 quando tento executar o RunAs MkDir (como administrador) porque o Mkdir NÃO é um arquivo executável (é um comando do sistema), e isso é tudo que os RunAs podem executar.
Você pode usar o CMD.EXE em combinação com RunAs e, em seguida, alimentá-lo com o comando mkdir. Isso é complicado devido a aspas duplas aninhadas, mas no final você deve ser capaz de usar:
runas /user:administrator "cmd /C \"mkdir \"c:\program files\foo\"\""
A partir de qualquer prompt de comando (administrador ou não) para obter o que você deseja.
(as barras invertidas extras são caracteres de escape)