Mais uma vez eu fiquei com o SyncToy v1.4, já que achei a v2.1 também muito lenta para ser útil.
Primeiro eu executei a versão v1.4 para ter certeza de que tudo já estava sincronizado e sincronizado, e então eu instalei a versão 2.1 sobre a v1.4 (que mantinha suas configurações e atualizava-a).
Em seguida, visualizei duas pastas conhecidas como idênticas, cada uma com 7.16 GB (contendo 53.817 arquivos e 2.594 pastas). O SyncToy v2.1 demorou 11 minutos e disse que precisaria sobrescrever 46.650 arquivos (e que 60.972 arquivos não requeriam ação). Isso foi muito lento e estava incorreto sobre ter que substituir qualquer arquivo.
Então eu desinstalei a v2.1 e reinstalei a v1.4, e fiz o mesmo teste. Desta vez, levou 2 minutos para comparar o mesmo par de pastas e nenhum arquivo necessário para copiar (exceto alguns arquivos SyncToy _ *. Dat deixados pela v2.1).