Aqui está um pequeno bit elisp que desativa completamente o diálogo gráfico para você:
(defadvice yes-or-no-p (around prevent-dialog activate)
"Prevent yes-or-no-p from activating a dialog"
(let ((use-dialog-box nil))
ad-do-it))
(defadvice y-or-n-p (around prevent-dialog-yorn activate)
"Prevent y-or-n-p from activating a dialog"
(let ((use-dialog-box nil))
ad-do-it))
Adicione isto ao seu .emacs e ele desativará o uso do diálogo gráfico para as duas formas de prompts sim ou não que o emacs usa.