Você pode fazer duas coisas:
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Coloque a camada de ajuste acima do seu grupo (com subgrupos, é claro), converta o grupo em Objeto inteligente e crie uma máscara de recorte para sua camada de ajuste com o objeto inteligente recém-criado.
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Coloque a camada de ajuste acima do grupo, mas selecione ambos, uma camada de ajuste e um grupo e converta-os para o objeto inteligente juntos.
Eu, pessoalmente, usaria a primeira solução, pois dessa forma você pode alterar as configurações da camada de ajuste sem abrir o objeto inteligente.
Quanto à sua segunda pergunta, Bevel and emboss não é um efeito de mistura, mas o efeito Layer. E sim, você pode aplicá-lo a um grupo, mas não da maneira que provavelmente pensa. Ele não adicionará o efeito a cada objeto dentro do grupo separadamente, mas aplicará como se o grupo fosse apenas um objeto. Se você quiser, basta converter seu grupo em objeto Inteligente e aplicar o efeito Bevel e grava a esse novo objeto. Dessa forma, o seu grupo ainda é editável. Se você não quiser que seu grupo seja editável, mescle o grupo (clique com o botão direito do mouse no grupo e selecione Merge group) e aplique o efeito a ele.