Um representante da Microsoft respondeu à minha pergunta em seu fórum oficial. Eles disseram que este é realmente o comportamento normal.
Eu resolvi o problema executando um arquivo .bat a cada inicialização do sistema. O arquivo faz isso:
bcdedit /set {fwbootmgr} DEFAULT {appropriate UUID}
Onde "UUID apropriado" é o UUID no GRUB e pode ser lido na lista que "firmware bcedit / enum".
Os arquivos bat podem ser editados abrindo o editor de políticas de grupo (procure no metrô).
Eu escrevi um artigo sobre o problema de inicialização dupla em: link