Se você der a opção -K para bsub , ela aguardará a conclusão do trabalho antes de retornar. Você pode, em seguida, documentar vários comandos bsub no shell e usar o comando wait do shell para aguardar por eles. Exemplo:
#!/bin/bash
bsub -K -o out.1 sleep 10 &
bsub -K -o out.2 sleep 5 &
wait