Eu tenho isso em meus .emacs, que eu então vinculo a uma chave:
(defun my-frame-toggle ()
"Maximize/Restore Emacs frame using 'wmctrl'."
(interactive)
(shell-command "wmctrl -r :ACTIVE: -btoggle,maximized_vert,maximized_horz"))
(global-set-key [(control f4)] 'my-frame-toggle)
Você pode então pressionar Ctrl F4 e alternar entre tela normal e tela cheia (mas não cobrir a barra de menus e a barra do Ubuntu na parte inferior da tela cujo nome eu estou apagando no momento). Para iniciar dessa forma, basta invocá-lo:
$ emacs -e "my-frame-toggle"