(Esta resposta é orientada para o Linux. Mas isso é provavelmente muito semelhante para o Windows.)
Eu acredito que a resposta é sim - você pode usar o Linux para particionar um RAID.
Veja o artigo Linux Hardware RAID Howto para conselhos sobre como particionar o RAID e configurar o kernel.
O artigo Instalando o Ubuntu Server no hardware RAID é interessante de ler. Ele detalha a experiência de uma pessoa ao instalar o Ubuntu em um RAID e destaca a importância de ter os drivers corretos. O artigo realmente inclui uma solução alternativa para o caso em que o driver RAID está ausente, para que o Linux possa ver os discos, mas não o RAID. A solução simples é instalar em um dos discos (trocar o outro) e somente depois construir o RAID.