Por experiência, é uma má ideia misturar partições & drives como você atualmente tê-los. Se você quiser sistemas operacionais de inicialização dupla, sugiro configurar um sistema operacional em cada unidade. Aqui está a chave - certifique-se de que apenas a unidade que você está instalando no sistema operacional esteja conectada durante a instalação. Ao fazer isso, ele impede que o sistema operacional veja a outra unidade e, portanto, reconfigura automaticamente algo, como sobrescrever as partições de inicialização. Se você fizer dessa maneira, cada sistema operacional estará totalmente contido em sua própria unidade, o que simplifica as coisas.
A outra opção (e IMO, a opção melhor ) é instalar um sistema operacional primário (eu escolheria o W7 nesse caso) e usar um gerenciador de VM como VirtualBox ou VMWare Player para criar VMs para todos os sistemas operacionais adicionais (quantos você quiser).
Quais são os prós e contras cons? Inicialização dupla permitirá que cada SO seja executado nativamente no HW (sem VM), portanto, se você precisar de máxima velocidade, essa pode ser uma escolha melhor. Além disso, não há benefício realmente (IMO). A execução de VMs permite que você opere vários sistemas operacionais ao mesmo tempo. Por exemplo, usando seu exemplo do Apache, você pode executar uma VM Linux enquanto codifica no Dreamweaver no W7 e testar o código em um servidor Apache real. Ou você pode apenas jogar paciência no Linux enquanto espera que algo termine no W7. Ou você pode ler sobre como configurar o Arch Linux para x-windows no W7 enquanto trabalha com ele em uma janela de VM. É muito mais flexível.
A desvantagem de fazer a VM é que você precisará de um pouco mais de hardware para obter um bom desempenho. Não muito, realmente, mas alguns.
No que diz respeito ao acesso a várias partições, com a configuração da sua unidade ...
Com dual-boot, eu criaria no disco W7 3 partições 100MB (criadas pelo instalador), depois 2 partições de 125GB - C: & D: C: seria o SO no NTFS. D: seriam dados no NTFS. Em seguida, a partir da unidade do Linux, você pode montar a partição de dados usando FUSE & NTFS-3G. Se você não quiser usar o NTFS, formate a partição data como FAT32 e monte-a no Linux. Basta estar ciente dos limites de tamanho de arquivo do FAT32 vs NTFS.
Com VMs, eu instalaria o W7 no disco 1, provavelmente tudo em uma partição NTFS (o W7 permite redimensionar dinamicamente as partições, portanto, não é crítico fazer isso na instalação) e depois usar o disco 2 para os dados. Eu criaria 1-4 partições, formatadas como NTFS ou FAT32. Então, depois de criar uma VM, eu montaria as partições de dados ou as acessaria via samba.
Muitas opções, mas a única coisa que eu não faria é deixar meus discos configurados como você os tem. Ter as partições do sistema W7 espalhadas por duas unidades é, provavelmente, a causa de problemas no caminho.