Se você quer que eles sejam removidos automaticamente, o Gnucash pode removê-los após um período configurável de tempo (Preferências > Geral > "Dias para reter os arquivos de registro").
Outra chance seria escrever um arquivo em lote para remover os arquivos .xac e .log dentro do diretório relevante.
Você deve observar que os arquivos de backup e log têm um formato de <name>.YYYYMMDDHHMMSS.xac (ou .log ). Estes são arquivos de backup (e log) do seu arquivo de dados, <name>.