Você tem riscos, então você vai querer ter certeza de que sabe o que está fazendo. No entanto, faço isso o tempo todo. Eu não me importo com a partição "restauração oculta" e não gosto de ter a unidade inteira como uma partição. Vou baixar o Ubuntu LiveCD www.ubuntu.com e usar o aplicativo GParted pré-carregado para redimensionar.
Eu nunca vi um sistema operacional exigir reativação após o particionamento. Adicionando / removendo hardware, sim, mas não particionando.
A única coisa que você pode ver é que o sistema fará um checkdisk, mas é isso. Se você tiver algum Bad Sectors na unidade, poderá encontrar mais complicações. Sempre certifique-se de que seu disco esteja funcionando (CrystalDiskInfo) antes de fazer algo arriscado. Especialmente se você não tiver nada de backup importante.