Sim, os MBRs são meio complicados. Porque há muitas convenções legadas em camadas que compõem a situação atual.
O seu BIOS finalizará o POST e, em seguida, carregará o que estiver armazenado em uma parte do seu MBR na memória e instruirá o processador a executar o que estava lá. É uma região reservada, muito especificamente definida. O MBR instalado na raiz do seu disco rígido é o que sua máquina irá inicializar. Carregadores de inicialização modernos e agradáveis podem observar o código do bootloader armazenado no início das partições também, para que você possa carregá-los em cadeia.
Para usuários do Windows Vista ou 7, eu acho o EasyBCD extremamente útil para navegar pelos problemas do boot loader. Eu também adoro o SuperGrubDisk (SGD) por me ajudar em sistemas de inicialização que eu estraguei.
De qualquer forma, há mais nisso do que eu sei, mas isso deve ajudar um pouco ...