Eu sempre vi situações semelhantes a isso relacionadas à corrupção na instalação do .Net instalado. A sugestão de Martineau de desinstalar e reinstalar o .Net provavelmente está no caminho certo.
Você pode obter este erro com o .Net ainda instalado se o programa que lança o erro não detectar a instalação. Desinstalar / reinstalar ajudará com isso. Depois de desinstalar o pacote .Net existente, você pode ler este artigo sobre o utilitário de limpeza mais recente do MS. Se a remoção de algum outro aplicativo deixar conexões de sistema corrompidas, talvez seja necessário fazer essa limpeza para recuperar o sistema.