Acontece que eram podcasts depois de tudo. Um dos downloads ficou preso de alguma forma, então ele iria baixá-lo repetidamente e depois jogá-lo fora. Parece que o iTunes tem alguma bandeira além da frequência de atualização do podcast para quando baixar episódios em "baixar este banco de dados", como eu tinha que definir para verificar uma vez por dia, mas isso estava acontecendo com muito mais frequência.
Espero que isso ajude alguém em algum momento, pois isso me deixou louco!