O Windows 8.1 tem um recurso que permite criar uma conta de usuário usada por um aplicativo específico, mas o Windows 7 não tem uma maneira conveniente de fazer isso para aplicativos individuais.
Você pode criar contas separadas com permissões de sistema de arquivos e do Registro diferentes e, em seguida, iniciar o aplicativo na conta apropriada usando o runas recurso.
Outra alternativa seria usar um programa como Sandboxie que permite instalar e executar software em sua própria sandbox virtual, impedindo o acesso a o resto do seu sistema.