Isso foi corrigido porque a opção "makeactive" foi ativada para a opção Windows 2k3. Tirar essa opção corrigiu o problema e ainda inicializa as janelas.
Eu tenho o Windows Server 2003 e o Linux instalados em um disco rígido [em partições separadas]. Minha primeira partição é a partição de inicialização do Linux e mantém o Grub. Quando inicializo a partição do Windows e encerro o W2k3, continuo modificando o MBR para inicializar diretamente e somente para a partição do Windows. Como evito esse comportamento? Eu prefiro usar o Grub para fazer seleções de inicialização.
Tente instalar o GRUB no primeiro setor da partição / boot, não no MBR.
Talvez a placa-mãe tenha a opção "proteção contra vírus no setor de inicialização"?
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