Em geral, sim. Não deve haver problema em fazer isso.
O Homebrew fará o download dos arquivos necessários para preparar a fórmula e executará a configuração e a compilação por si só. Isso não deve ser um problema, já que todas as fórmulas vivem em suas respectivas pastas - exceto nos casos muito raros em que você instala duas fórmulas concorrentes que têm a mesma dependência.
O ideal seria verificar as dependências de uma fórmula com brew deps <formula> antes e instalá-las manualmente nos casos de sobreposições entre os vários comandos brew install que você planeja executar.
Mas além disso: eu faço isso o tempo todo e não tenho problemas ainda.