Brincar com a sincronização pode levar ao desastre da IMO. Eu atualmente uso a seção protegida por senha desta forma que eu acho que pode ser aplicada ao BoxCryptor também:
Por exemplo, meus dados bancários em uma página:
ABC Bank
--------------
Address
tel
website
[[account number & password]] <-- link to a notebook section called 'Encrypted'
A ideia é: a maioria de suas notas provavelmente não são dados confidenciais. A seção de notebooks chamada 'Encrypted' mantém todos os dados confidenciais de vários notebooks. Então protejo com senha essa seção. Dessa forma, a maioria das notas (não sensíveis) são pesquisáveis sem que eu digite a senha toda vez que você digitar a senha somente quando precisar acessar informações confidenciais.
Para aplicar isso ao BoxCryptor, você pode criptografar apenas UM notebook que contém os dados confidenciais. Enquanto seus outros blocos de anotações são sincronizados usando o protocolo OneNote normal. Dessa forma, você pode executar o OneNote em vários computadores ao mesmo tempo também.