O Linux geralmente usa uma ferramenta chamada hwclock
para interagir com o relógio do hardware. Dependendo da sua distribuição, você deve ser capaz de modificar os scripts de inicialização do sistema para fazer hwclock
reler e armazenar a hora usando o fuso horário do sistema atual.
No Ubuntu, você pode ativar o modo de hora local editando /etc/default/rcS
para:
UTC=no
Eu sei, não exatamente o que você pediu, mas faz com que ambos os sistemas operacionais usem o mesmo deslocamento de clock.